Bekerja dengan File dan Direktori

Overview

Teaching: 25 min
Exercises: 15 min

Questions

• Bagaimana membuat, menyalin dan menghapus file dan direktori?

• Bagaimana mengedit file?

Objectives

• Membuat hierarki direktori yang match dengan pola yang diberikan

• Membuat file dalam direktori dengan editor dengan mengcopy dan merename file yang ada.

• Menampilkan daftar dan konten dari direktori dengan menggunakan perintah shell.

• Menghapus file dan/atau direktori tertentu.

Dengan perintah ls dan cd kita bisa mengeksplorasi isi dari sebuah direktori. Namun bagaimana cara membuat direktori tersebut Kembali pada direktori data-shell pada /home dan gunakan ls -F untuk melihat isinya:

$ pwd

/home/bagustris/data-shell

$ ls -F

creatures/  molecules/           pizza.cfg
data/       north-pacific-gyre/  solar.pdf
Desktop/    notes.txt            writing/

Mari kita buat sebuah direktori yang bernama thesis dengan menggunakan perintah mkdir thesis (yang tidak memiliki output):

$ mkdir thesis

Anda mungkin bisa menebak apa kegunaan mkdir dari namanya, mkdir merupakan “make directory” : membuat direktori. Karena thesis merupakan relative path (yakni tidak dipisahkan oleh slash), maka direktori baru bermana thesis dibuat dalam direktori saat ini.:

$ ls -F

creatures/  north-pacific-gyre/  thesis/
data/       notes.txt            writing/
Desktop/    pizza.cfg
molecules/  solar.pdf

Two ways of doing the same thing

Menggunakan shell untuk membuat direktori tidak adanya ketika anda meng-klik kanan pada file explorer (nautilus). Jika anda membuka file explorer maka akan ada direktori thesis disana. Meskipun ada dua cara berbeda membuat file dan direktori (GUI file explorer dan CLI terminal), kedua direktori ataupun file tersebut sama saja.

Penamaan file dan direktori

Nama file dan direktori yang tidak jelas akan mengakibatkan kita kesulitan ketika bekerja dengan command line. Beberapa tips berikut sangat berguna untuk menamai file dan direktori:

1. Jangan menggunakan spasi

   Menggunakan spasi mungkin akan terlihat bermakna, namun karena spasi digunakan untuk memisahkan argumen pada command line akan sangat berguna jika kita tidak menggunakannya dalam menamai file. Sebagai gantinya, kita bisa menggunakan - atau _. Nama file/direktori dengan spasi tetap bisa dipanggil dalam perintah Linux dengan menggunakan tanda petik (“ “).

2. Jangan mengawali nama file/direktori dengan - (dash).

   Perintah Unix/Linux menggunakan tanda dash untuk menandai option Contohnya: ls -F

3. Hanya gunakan huruf, angka, titik, dash (-) dan underscore (_).

   Beberapa karakter memiliki makna dalam perintah Linux/Unix, jadi sebisa mungkin dihindari untuk menggunakan karakter (+,*, &, %, *, dst) dalam menamai file atau direktori. Jika ada karakter dalan nama file atau direktori, bisa jadi perintah yang kita gunakan akan error atau disalah artikan oleh komputer.

Kita sudah membuat direktori thesis, namun belum ada isinya.

$ ls -F thesis

Kemudian, pindah ke direktori thesis dengan perintah cd, jalankan editor nano untu membuat file yang dinamakan draft.txt:

$ cd thesis
$ nano draft.txt

Which Editor?

Berbicara tentang editor, ada dua mazhab besar: VIM dan Emacs, namun keduanya terlalu sulit untuk pemula. Sebagai pemula, saya sarankan anda untuk menggunakan Nano atau Gedit. Gedit cukup mudah dipelajari dan difahami, tinggal buka file yang akan diedit, edit, dan save. Untuk Nano, anda perlu mengetahui shortcut untuk menyimpan dll.

Silahkan ketik beberapa baris teks. Kalau anda sudah puas dengan apa yang anda ketik, tekan Ctrl-O (tekan tombol Control dan O bersamaan) untuk menyimpan teks tersebut ke dalam file draft.txt.

Gunakan Ctrl-X untuk keluar dari nano, dan ketika ada pertanyaan apakah ingin menyimpannya, tekan y kemudian Enter.

Control, Ctrl, or ^ Key

Tombol Control sering disingkat dengan “Ctrl” sebagaimana tertulis pada keyboard. Ada beberapa cara penulisan dimana kita diminta menekan tombol Control dan, sambil menahannya, kita tekan tombol lainnya, yakni tombol X. Berikut beberapa versi penulisannya.

• Control-X
• Control+X
• Ctrl-X
• Ctrl+X
• ^X
• C-x

Pada nano, pada bagian bawah anda akan melihat tulisan ^G Get Help ^O WriteOut dst. Artinya tekan Control-G untuk menampikan help dan Control-O untuk menyimpan file.

nano tidak akan menampilkan output lagi, namun teks yang tadi diketik sudah disimpan dalam file draft.txt, cek dengan ls.

$ ls

draft.txt

Let’s tidy up by running rm draft.txt:

$ rm draft.txt

Perintah ini akan menghapus file (rm merupakan kependekran dari “remove”). Jika kita run ls sekali lagi, file draft tersebut sudah tidak ada.

$ ls

Setelah anda bisa menggunanan nano, sangat saya sarankan untuk segera mempelajari VIM, text editor dengan kemampuan tercepat, secepat apa kecepatan jari anda.

Deleting Is Forever

Shell Linux/Unix tidak memiliki tempat sampah (trash bin) untuk me-recover file yang telah kita hapus. Ini artinya, apa yang telah kita hapus melalui perintah di terminal akan hilang selamanya. Berbeda dengan ketika kita menghapus dengan GUI pada file explorer (nautilus). Pada file explorer, ketika kita menghapus sebenarnya kita hanya memindahkan file/direktori tersebut ke direktori tempat sampah (Move to trash). Ada beberapa tools yang bisa digunakan untuk merecover file yang telah kita hapus seperti testdisk namun untuk pemula, tools tersebut tidak menjamin apa yang telah kita hapus bisa kembali.

Mari kita buat lagi file tersebut dan memindahkannya ke direktori atasnya, yakni ke direktori /home/bagustris/data-shell dengan perintah cd ..:

$ pwd

/home/bagustris/data-shell/thesis

$ nano draft.txt
$ ls

draft.txt

$ cd ..

Jika kita coba untuk menghapus direktori thesis dengan rm thesis, maka akan terjadi error:

$ rm thesis

rm: cannot remove `thesis`: Is a directory

Ini terjadi karena, by default, perintah rm hanya bekerja pada file bukan direktori. Kita gunakan rmdir untuk menghapus direktori.

$ rmdir thesis
rmdir: failed to remove 'thesis/': Directory not empty

Ini terjadi karena rmdir digunakan hanya untuk menghapus direktori kosong. Hal ini masuk akal, karena rm menghapus selamanya, jadi Linux memastikan bahwa direktori yang dihapus kosong.

Untuk menghapus direktori thesis yang berisi file draft.txt, dimana artinya kita juga ikut menghapus file di dalam direktori tersebut, maka kita gunakan argumen recursive yakni -r untuk rm:

$ rm -r thesis

With Great Power Comes Great Responsibility

Menghapus file-file dalam direktori secara rekursif bisa jadi sangat berbahaya. Jika kita ingin meyakinkan diri tentang apa yang akan dihapus kita bisa menambahkan flah -i yang merupakan singkatan dari “interactive” pada perintah rm sehingga menjadi rm -i file_yang_akan_dihapus.

$ rm -r -i thesis
rm: descend into directory ‘thesis’? y
rm: remove regular file ‘thesis/draft.txt’? y
rm: remove directory ‘thesis’? y

Ini akan menghapus file di dalam direktori, kemudian direktori itu sendiri. Jika anda yakin ingin menghapusnya, tekan “y”, jika tidak ingin menghapusnya tekan “n”.

Mari kita buat direktori dan file tersebut sekali lagi. (file draft kita edit dari direktori saat ini alih-alih berpindah ke direktori thesis.)

$ pwd

/home/bagustris/data-shell

$ mkdir thesis
$ nano thesis/draft.txt
$ ls thesis

draft.txt

MV

Nama file draft.txt sangat tidak informatif, bisa berarti draft apa saja, ya kan..? Baiklah, kita ganti namanya menjadi lebih spesifik dengan mv, kepanjangan dari “move”.

$ mv thesis/draft.txt thesis/quotes.txt

mv memiliki dua parameter/argumen, parameter pertama adalah file yang akan dipindah/nama-lama parameter kedua adalah tujuan/nama_baru. Jadi kita mengganti nama file dari draft.txt menjadi quotes.txt dalam folder thesis. Cek dengan ls untuk membuktikannya.

$ ls thesis

quotes.txt

Jika kita ingin memindah/merename file draft.txt tidak didalam direktori thesis namun di direktori lain, misal direktori saat ini, maka kita mengganti parameter tujuan menjadi, misalnya, ./quotes.

Seperti halnya rm, perintah mv juga bisa dijalankan secara interaktif dengan flag -i, atau --interactive.

Perintah mv ini bisa dijakankan baik untuk file maupun direktori.

Sekarang pindahkan file quotes.txt dalam direktori thesis ke direktori saat ini,

$ mv thesis/quotes.txt .

Cek dengan ls untuk melihat hasilnya

$ ls thesis
$ ls
creatures  Desktop    north-pacific-gyre  pizza.cfg   solar.pdf  writing
data       molecules  notes.txt           quotes.txt  thesis

Lebih jauh, perintah ls disertai nama file atau direktori akan memberikan output nama file/direktori tersebut jika ada.

$ ls quotes.txt

quotes.txt

CP

Perintah cp bekerja mirip dengan mv, bedanya jika mv dapat kita artikan cut-paste maka cp berarti copy atau copy-paste. Artinya, akan ada dua file atau direktori, file/direktori lama dan file/direktori baru. Sekali lagi cek dengan ls untuk melihat hasilnya

Perintah: cp file nama-baru bisa juga cp lokasi/file lokasi-baru/nama-baru.
Berikut contohnya.

$ cp quotes.txt thesis/quotations.txt
$ ls quotes.txt thesis/quotations.txt

quotes.txt   thesis/quotations.txt

Untuk membuktikan bahwa kita telah mengcopy file quotes menjadi quotations.txt (bukan symbolic link) silahkan hapus file quotes.txt dan jalankan ls lagi.

$ rm quotes.txt
$ ls quotes.txt thesis/quotations.txt

ls: cannot access quotes.txt: No such file or directory
thesis/quotations.txt

File quotes.txt tidak ditemukan dalam direktori saat ini karena telah dihapus, namun file quotations.txt tetap ada pada direktori thesis.

Ada apa dibalik nama file?

Penamaan file, seperti telah disinggu sebelumnya, mengikuti konvensi, namafile.ekstensi, misalnya draft.txt. Draft adalah nama filenya dan txt adalah ekstensinya. Bisa saja kita menulis nama filenya hanya dengan draft saja, namun umumnya digunakan ekstensi untuk mengidentifikasi jenis file tersebut. Ekstensi ditulis setelah tanda titik (dot). Beberapa ekstensi berikut adalah yang umum digunakan:

1. .txt: file teks
2. .pdf: file pdf (portable document format)
3. .cfg: file untuk konfigurasi
4. .png: file gambar png (portable network graphics)
5. dst

Bisa saja anda merename sebuah file gambar, image01.png menjadi image01.mp3. Filenya akan tetap sama file gambar, bukan berubah menjadi file suara/lagu. Namun, ketika membuka dengan GUI file eksplorer, komputer akan membukanya dengan program pemutar musik, bukan pembuka gambar, karena ekstensinya adalah .mp3, bukan .png.

LATIHAN

Renaming Files

Suppose that you created a .txt file in your current directory to contain a list of the statistical tests you will need to do to analyze your data, and named it: statstics.txt

After creating and saving this file you realize you misspelled the filename! You want to correct the mistake, which of the following commands could you use to do so?

1. cp statstics.txt statistics.txt
2. mv statstics.txt statistics.txt
3. mv statstics.txt .
4. cp statstics.txt .

Solution

1. No. While this would create a file with the correct name, the incorrectly named file still exists in the directory and would need to be deleted.
2. Yes, this would work to rename the file.
3. No, the period(.) indicates where to move the file, but does not provide a new file name; identical file names cannot be created.
4. No, the period(.) indicates where to copy the file, but does not provide a new file name; identical file names cannot be created.

Moving and Copying

What is the output of the closing ls command in the sequence shown below?

$ pwd

/Users/jamie/data

$ ls

proteins.dat

$ mkdir recombine
$ mv proteins.dat recombine
$ cp recombine/proteins.dat ../proteins-saved.dat
$ ls

1. proteins-saved.dat recombine
2. recombine
3. proteins.dat recombine
4. proteins-saved.dat

Solution

We start in the /Users/jamie/data directory, and create a new folder called recombine. The second line moves (mv) the file proteins.dat to the new folder (recombine). The third line makes a copy of the file we just moved. The tricky part here is where the file was copied to. Recall that .. means “go up a level”, so the copied file is now in /Users/jamie. Notice that .. is interpreted with respect to the current working directory, not with respect to the location of the file being copied. So, the only thing that will show using ls (in /Users/jamie/data) is the recombine folder.

1. No, see explanation above. proteins-saved.dat is located at /Users/jamie
2. Yes
3. No, see explanation above. proteins.dat is located at /Users/jamie/data/recombine
4. No, see explanation above. proteins-saved.dat is located at /Users/jamie

Organizing Directories and Files

Jamie sedang bekerja pada sebuah project dan dia melihat bahwa file-file miliknya tidak teroganisir dengan baik.

$ ls -F

analyzed/  fructose.dat    raw/   sucrose.dat

File fructose.dat dan sucrose.dat berisi output dari analisis datanya. Perintah apa yang dijelaskan pada bab ini yang harus dijalankan sehingga perintah berikut menghasilkan output seperti ditunjukkan?

$ ls -F

analyzed/   raw/

$ ls analyzed

fructose.dat    sucrose.dat

Solution

mv *.dat analyzed

Jamie needs to move her files fructose.dat and sucrose.dat to the analyzed directory. The shell will expand *.dat to match all .dat files in the current directory. The mv command then moves the list of .dat files to the “analyzed” directory.

Copy with Multiple Filenames

For this exercise, you can test the commands in the data-shell/data directory.

In the example below, what does cp do when given several filenames and a directory name?

$ mkdir backup
$ cp amino-acids.txt animals.txt backup/

In the example below, what does cp do when given three or more file names?

$ ls -F

amino-acids.txt  animals.txt  backup/  elements/  morse.txt  pdb/  planets.txt  salmon.txt  sunspot.txt

$ cp amino-acids.txt animals.txt morse.txt 

Solution

If given more than one file name followed by a directory name (i.e. the destination directory must be the last argument), cp copies the files to the named directory.

If given three file names, cp throws an error because it is expecting a directory name as the last argument.

cp: target ‘morse.txt’ is not a directory

Listing Recursively and By Time

The command ls -R lists the contents of directories recursively, i.e., lists their sub-directories, sub-sub-directories, and so on in alphabetical order at each level. The command ls -t lists things by time of last change, with most recently changed files or directories first. In what order does ls -R -t display things?

Solution

The command ls -R -t displays the directories recursively in alphabetical order at each level, but the files in each directory are displayed chronologically.

Creating Files a Different Way

We have seen how to create text files using the nano editor. Now, try the following command in your home directory:

$ cd                  # go to your home directory
$ touch my_file.txt

1. What did the touch command do? When you look at your home directory using the GUI file explorer, does the file show up?

2. Use ls -l to inspect the files. How large is my_file.txt?

3. When might you want to create a file this way?

Solution

1. The touch command generates a new file called ‘my_file.txt’ in your home directory. If you are in your home directory, you can observe this newly generated file by typing ‘ls’ at the command line prompt. ‘my_file.txt’ can also be viewed in your GUI file explorer.

2. When you inspect the file with ‘ls -l’, note that the size of ‘my_file.txt’ is 0kb. In other words, it contains no data. If you open ‘my_file.txt’ using your text editor it is blank.

3. Some programs do not generate output files themselves, but instead require that empty files have already been generated. When the program is run, it searches for an existing file to populate with its output. The touch command allows you to efficiently generate a blank text file to be used by such programs.

Moving to the Current Folder

After running the following commands, Jamie realizes that she put the files sucrose.dat and maltose.dat into the wrong folder:

$ ls -F
raw/ analyzed/
$ ls -F analyzed
fructose.dat glucose.dat maltose.dat sucrose.dat
$ cd raw/

Fill in the blanks to move these files to the current folder (i.e., the one she is currently in):

$ mv ___/sucrose.dat  ___/maltose.dat ___

Solution

$ mv ../analyzed/sucrose.dat ../analyzed/maltose.dat .

Recall that .. refers to the parent directory (i.e. one above the current directory) and that . refers to the current directory.

Using rm Safely

What happens when we type rm -i thesis/quotations.txt? Why would we want this protection when using rm?

Solution

$ rm: remove regular file 'thesis/quotations.txt'?

The -i option will prompt before every removal. The Unix shell doesn’t have a trash bin, so all the files removed will disappear forever. By using the -i flag, we have the chance to check that we are deleting only the files that we want to remove.

Copy a folder structure sans files

You’re starting a new experiment, and would like to duplicate the file structure from your previous experiment without the data files so you can add new data.

Assume that the file structure is in a folder called ‘2016-05-18-data’, which contains folders named ‘raw’ and ‘processed’ that contain data files. The goal is to copy the file structure of the 2016-05-18-data folder into a folder called 2016-05-20-data and remove the data files from the directory you just created.

Which of the following set of commands would achieve this objective? What would the other commands do?

$ cp -r 2016-05-18-data/ 2016-05-20-data/
$ rm 2016-05-20-data/data/raw/*
$ rm 2016-05-20-data/data/processed/*

$ rm 2016-05-20-data/data/raw/*
$ rm 2016-05-20-data/data/processed/*
$ cp -r 2016-05-18-data/ 2016-5-20-data/

$ cp -r 2016-05-18-data/ 2016-05-20-data/
$ rm -r -i 2016-05-20-data/

Solution

The first set of commands achieves this objective. First we have a recursive copy of a data folder. Then two rm commands which remove all files in the specified directories. The shell expands the ‘*’ wild card to match all files and subdirectories.

The second set of commands have the wrong order: attempting to delete files which haven’t yet been copied, followed by the recursive copy command which would copy them.

The third set of commands would achieve the objective, but in a time-consuming way: the first command copies the directory recursively, but the second command deletes interactively, prompting for confirmation for each file and directory.

Key Points

• cp lama baru mengcopy file lama ke baru.

• mkdir path membuat direktori baru.

• mv old new me-rename/memindah file atau direktori.

• rm path menghapus file atau direktori.

• rmdir direktorikosong menghapus direktori kosong.

• touch namafile.txt membuat dan mengedit file baru namafile.txt

• Shell tidak mempunyai trash bin (recycle bin): artinya sekali dihapus hilang selamanya.